Năm 1902 Stolypin được bổ nhiện là thống đốc ở Grodno, trở thành người trẻ nhất đã từng được bổ nhiệm chức vụ này. Sau đó, ông trở thành thống đốc của Saratov, nơi ông được biết tới về vụ đàn áp cuộc nổi dậy của nông dân năm in 1905. Nhờ vụ đàn áp này, ông được tuyên dương như viên thống đốc duy nhất có khả năng cai quản tỉnh nhà bằng một bàn tay vững chắc giữa lúc biến loạn xảy ra ở nhiều nơi. Stolypin là vị Thống đốc đầu tiên đã sử dụng những hệ thống cảnh sát hữu hiệu nhằm đề phòng những người bị tình nghi là kẻ gây rối loạn, và một số tài liệu cho rằng ông ra lệnh cho cảnh sát ghi chép về những nam giới ở tuổi trưởng thành tại tỉnh nhà.[3] Những thành công của ông trên cương vị Thống đốc tỉnh dẫn tới việc Stolypin được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Nội vụ trong chính phủ Ivan Goremykin.